Игроки отправляются в недалекое будущее, в 2022 год, в котором власть над миром пытаются захватить две могущественные корпорации - Arasaka и Militech.

Главного персонажа зовут Сэм Гибсон (Sam Gibson), он работает на Arasaka и занимается промышленным шпионажем. Неожиданно ему удается добраться до одной тайны, которую тщательно оберегают обе корпорации. После чего жизнь Гибсона меняется кардинальным образом.